O turismo em Bonito é bastante organizado graças ao trabalho das agências locais e suas parcerias. A preocupação em preservar os ambientes é vista desde a prática de snorkeling, onde o mergulho com nadadeiras e sem roupas de neoprene é proibido. Isso contribui para que os sedimentos do fundo dos rios não sejam levantados durante os passeios, preservando a cristalinidade de suas águas.

O acordo com as agências também determina o número-limite de visitantes. Na Gruta do Lago Azul, por exemplo, somente 225 pessoas podem entrar por dia - daí a importância de chegar em Bonito por meio de um pacote de viagem ou agendando nas agências locais com antecedência. Para passeios muito disputados, como no caso do Rio da Prata, na alta temporada, acredite se quiser: esta antecedência pode ser de dois meses.

Mas nem tudo ainda é perfeito. A Serra da Bodoquena não tem nenhuma unidade de conservação que garanta, por lei, a preservação de suas atrações naturais - com exceção de pequenas áreas ao redor das grutas do Lago Azul e Aparecida, que foram tombadas pelo antigo IBPC (Instituto Brasileiro do Patrimônio Cultural), atual IPHAN (Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Cultural Nacional). Algumas grutas ainda são depredadas, as margens de muitos rios tiveram sua mata ciliar destruída, mas ainda assim a prática do ecoturismo tem sido o principal meio de divulgar as belezas locais, ajudando também a preservá-las.

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