A paisagem típica é a do cerrado, um ecossistema rico em biodiversidade. Mas o que impressiona na região de Bonito, bem próximo ao Pantanal, é a presença de muitas espécies de peixes (dourados, piraputangas e corimbas) e aves (tucanos, tuiuiús) e outros animais, como macacos-prego. Bem menos comum é ver cobras sucuris nos rios, embora exista uma probabilidade desse encontro.

Águas claras e muitas cavernas aparecem em Bonito - assim como em algumas outras localidades no Mato Grosso e no Mato Grosso do Sul. No caso de Bonito, a grande responsável é a formação calcária da Serra da Bodoquena. Muitas cavernas foram inundadas devido ao lento afundamento da Serra e deixando seus espeleotemas submersos ou não. Há vida nas cavernas: na Gruta do Lago Azul, por exemplo, pode ser encontrada uma espécies endêmica de crustráceo albino.

Existem ainda as chamadas surgências, quando os rios brotam do subterrâneo levantando partículas que dão a impressão de que o fundo borbulha. Com as águas ricas em magnésio e calcário, fica mais fácil entender porque têm-se a impressão que se está flutuando nestes rios, com verdadeiras florestas de raízes submersas e plantas aquáticas formando grandes jardins povoados por peixes.

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